La palma presenta una forte valore ecologica, per la sua antichità, la sua importanza nei grandi ecosistemi, ed di un punto di vista economica e sociale per numeroso paese di cui certi fanno parte delle più poveri. Il progetto Phoenix e dedicato alla produzione di dati genetici e molecolari, ed al miglioramento genetico, con l'armonizzazione delle procedure e delle sinergie tra istituti di ricerca.
PRESENTAZIONE
MARCATORI
I marcatori microsat sono utilizzati per la caratterizzazione genetica delle piante, degli animali o ancora per la genetica umane. Un primo gioco di 16 locii di questo tipo è stato elaborato specificamente nel 2004 e sviluppato poi. Sono estremamente polimorfi, e permettono di caratterizzare la struttura genetica delle specie.
I marcatori microsat sono utilizzati per la caratterizzazione genetica delle piante, degli animali o ancora per la genetica umane. Un primo gioco di 16 locii di questo tipo è stato elaborato specificamente nel 2004 e sviluppato poi. Sono estremamente polimorfi, e permettono di caratterizzare la struttura genetica delle specie.
SCAMPIONAMENTO
I scampioni studiati provengono di Europa, di Africa, di America e dell'Asia. Riguardano il genere Phoenix, principalmente la Phoenix dactylifera. Gli ibridi tra le diverse varietà di Phoenix fanno anche l’ogetto di indagine.
I scampioni studiati provengono di Europa, di Africa, di America e dell'Asia. Riguardano il genere Phoenix, principalmente la Phoenix dactylifera. Gli ibridi tra le diverse varietà di Phoenix fanno anche l’ogetto di indagine.
PHOENIX DB
PHOENIX DB (Phoenix Database)
I risultati di questa indagina sono in corsi di integrazione nella Data Basa Phoenix DB (Phoenix Database). Qui sotto una presentazione provisoria da Karina Castillo, Jean-Christophe Pintaud, Christine Dubreuil-Tranchant, Nathalie Chabrillange, Frederique Aberlenc-Bertossi (IRD – Institut de Recherche pour le Développement, Montpellier, France).
ABSTRACT
PHOENIX DB propone una soluzione integrata per la genotipizzazione del palma da datteri che include tre componenti maggiori. Il prima è la creazione "di una chiave di identificazione" basata su un nuovo insieme di marcatori microsatellite, validato su un grande scampione che rappresenta la diversità genetica della specie. Il seconda è "una biblioteca di riferimento", consistendo in dati di genotipizzazione proveniente di una collezione dei 150 principali cultivars di Phoenix dactylifera. Il terzo componente è "PhoenixDB", un attrezzo bioinformatico riposante su una banca dati che immagazzina la biblioteca di riferimento e le notizie complementari relative ai genotipi ed ai locii della chiave di identificazione. Un programma di identificazione permette il paragone automatico tra le notizie dell'utente e la biblioteca di riferimento. PhoenixDB è la prima banca dati pubblica che centralizza i dati di genotipizzazione della specie Phoenix dactylifera e che sia facilmente accessibile per la comunità scientifica grazie al suo interfaccia Web. Questo attrezzo potrà svilupparsi e delle notizie supplementari saranno aggiunte alla biblioteca di riferimento per migliorare la caratterizzazione e la conservazione delle risorse genetiche del palma da datteri.
Sapperne di piu
CASTILLO et alii, 2010. Phoenix DB, a database for Date Palm Genotype Identification based on SSR markers. In: IRD (Montpellier). Link : PHOENIXDB 2010
BIBLIO
PHOENIX DB
IRD 2012. Un plateau bioinformatique sur le centre IRD de Montpellier. In: Lettre d’information de l’UMR DIADE, Octobre 2012, n°6, 8p.
French : http://www.diade.ird.fr/
English : http://www.diade.ird.fr/
CASTILLO et alii, 2010. Phoenix DB, a database for Date Palm Genotype Identification based on SSR markers. In: IRD (Montpellier). Link : PHOENIXDB 2010
SAMPLING
BALLARDINI Marco, 2010. Illustrated protocol for palm leaves sampling, drying and sample preserving for subsequent DNA extraction, as implemented by CRA-FSO in Sanremo (Italy). In: The Phoenix Project. Link: PHOENIX 2010 protocole echantillonnage
PINTAUD Jean Christophe, 2009. Phoenix phylogenetic tree. In: The Phoenix Project. Link: PHOENIX 2009 genotypage
MARKERS
ELMEER Khaled, SARWATH Hina, MALEK Joel, BAUM Michael, HAMWIEH Aladdin, 2011. New microsatellite markers for assessment of genetic diversity in date palm (Phoenix dactylifera L.). In: Biotech (3-1) 91–97.
SCARCELLI N, BARNAUD A, EISERHARDT W, TREIER UA, SEVENO M, et al. 2011. A Set of 100 Chloroplast DNA Primer Pairs to Study Population Genetics and Phylogeny in Monocotyledons. In: PLoS ONE 6(5): e19954. Link : http://www.plosone.org/
LINKS
Biotechnologies, Diversité génétique des espèces et Environnement. 'Biochimie et Biotechnologies des Plantes', Un. Cadi Ayyad (Marrakech, Maroc). Link: ENTER
VIDEOS
Takween 2008. DNA extraction
L'extraction du DNA s'effectue selon 3 grandes étapes: la lyse (avec des detergents), la déproteination (avec des sels ou le phenol-chloroforme) et la précipitation du DNA par l'alcool.
Takween 2007. DNA PCR Amplification
L'amplification du DNA par PCR comporte la preparation d'un melange reactionnel contenant, entre autre, le DNA, les amorces (primers) et la DNA polymerase. L'amplification par PCR exige la dénaturation du DNA, la fixation des amorces et l'élongation.
Takween 2008. DAN electrophorese
Technique de separation du DNA sur gel d'Agarose (depot des echantillons, migration et revelation).
Takween 2007. Chromatographie sur papier des acides amines
Présentation de travaux pratiques sur les techniques de séparation et d'analyse en Biochimie.
